Il y a mille ans, le héros Mithos et ses compagnons mirent fin à la guerre qui déchirait le monde. Cependant, l'Arbre géant de Kharlan qui distribuait le mana, la source de vie, dans le monde était déjà agonisant. Depuis lors, les Elu se succèdent à travers Sylvarant afin de Régénérer le monde. Colette Brunel est la nouvel Elue, mais le jour où elle doit recevoir l'Oracle qui fera officiellement d'elle une Elue, le Temple est attaqué par des Desians, des êtres mi-elfe, mi-humains, que la Régénération menace. Sauvé par un mercenaire errant, Kratos Aurion, et par son ami d'enfance, Lloyd Irving, Colette est prête à entamer le pèlerinage qui sauvera le monde. Elle sera accompagné et protéger par Raine et Génis Sage, Lloyd et Kratos. Mais quel est le véritable but de ce voyage durant lequel...